激發(fā)光：                　　
芯片檢測(cè)儀激發(fā)光應(yīng)直接射向微陣列上的待測(cè)樣品，通過(guò)大量一次照明的方式，待測(cè)樣品的大部分區(qū)域同時(shí)受到激發(fā)，這種方式在CCD數(shù)碼相機(jī)中較常見(jiàn)，該方式的缺陷是待測(cè)樣品受到的激發(fā)光不夠均勻一致。這點(diǎn)是芯片檢測(cè)儀設(shè)計(jì)者須考慮到的重要因素之一。                　　
激發(fā)光聚焦于樣品的很小部分，采用特定的光線采集和定位，聚焦點(diǎn)上的激發(fā)光光線密度較高，大約為10000watt/cm2。芯片檢測(cè)儀激發(fā)光波長(zhǎng)的選擇是依據(jù)染料的激發(fā)曲線和釋放曲線的峰值來(lái)確定的，在染料激發(fā)峰值的左邊且激發(fā)效率較高的范圍內(nèi)，在某種染料水平下，激發(fā)效率越低，要達(dá)到某種光強(qiáng)，則需要向樣品上發(fā)射的光越多。過(guò)多的發(fā)射光將通過(guò)光漂白作用破壞樣品和污染干擾釋放光的信號(hào)。                　　
釋放光采集：                　　
熒光由目鏡的鏡頭來(lái)采集，該鏡頭聚焦于樣品上并將一定區(qū)域內(nèi)的光線收集到裝置。收集的角度區(qū)域的大小非常關(guān)鍵，熒光釋放是球形的，目鏡對(duì)熒光的采集范圍是決定芯片檢測(cè)儀的采集效率關(guān)鍵指標(biāo)之一。目鏡采集光的角度由數(shù)值孔徑來(lái)表示，數(shù)值孔徑與光采集效率之間具有一定的變化關(guān)系。                　　
當(dāng)數(shù)值孔徑為1.0時(shí)，目鏡將收集到整個(gè)半球的光，相應(yīng)的光采集效率為50%。許多激光共聚焦微陣列芯片檢測(cè)儀的數(shù)值孔徑在0.5~0.9，而CCD芯片檢測(cè)儀的數(shù)值孔徑為0.2~0.5。                　　
有其他類(lèi)型的芯片檢測(cè)儀不用目鏡而是使用積分球面鏡來(lái)采集釋放的部分光源，但是部分光線經(jīng)過(guò)多次球面反射而衰減。還有一些無(wú)散光收集裝置，僅僅是將探測(cè)器放在樣品的某一區(qū)域的上方，光線采集的效率受限于樣品被照明處的范圍及探測(cè)器的視角。                　　
空間定位：                　　
空間定位可通過(guò)多元素探測(cè)器，如CCD或機(jī)械芯片檢測(cè)儀。許多相機(jī)設(shè)置